Nel 1983, il crittografo americano David Chaum concepì un tipo di moneta elettronica crittografica chiamata ecash. Successivamente, nel 1995, la implementò attraverso Digicash, una prima forma di pagamento elettronico crittografico. Digicash richiedeva un software utente per prelevare banconote da una banca e designare specifiche chiavi crittografate prima che potessero essere inviate a un destinatario. Ciò ha consentito che la valuta digitale non fosse rintracciabile da terzi.
Nel 1996, la National Security Agency ha pubblicato un articolo intitolato How to Make a Mint: The Cryptography of Anonymous Electronic Cash, descrivendo un sistema di criptovaluta. L'articolo è stato pubblicato per la prima volta in una mailing list del MIT (ottobre 1996) e successivamente (aprile 1997) su The American Law Review.
Nel 1998, Wei Dai descrisse "b-money", un sistema di denaro elettronico anonimo e distribuito. Poco dopo, Nick Szabo descrisse bit gold. Come Bitcoin e altre criptovalute che lo avrebbero seguito, BitGold (da non confondere con il successivo exchange basato sull'oro BitGold) fu descritto come un sistema di valuta elettronica che richiedeva agli utenti di completare una funzione di prova del lavoro con soluzioni assemblate e pubblicate crittograficamente.
Nel gennaio 2009, Bitcoin è stato creato dallo sviluppatore pseudonimo Satoshi Nakamoto. Ha utilizzato SHA-256, una funzione hash crittografica, nel suo schema proof-of-work. Nell'aprile 2011, Namecoin è stato creato come tentativo di formare un DNS decentralizzato. Nell'ottobre 2011, è stato rilasciato Litecoin, che ha utilizzato scrypt come funzione hash al posto di SHA-256. Peercoin, creato nell'agosto 2012, ha utilizzato un ibrido di proof-of-work e proof-of-stake.
Le criptovalute hanno attraversato diversi periodi di crescita e contrazione, tra cui diverse bolle e crolli del mercato, come nel 2011, 2013-2014/15, 2017-2018 e 2021-2023.
Il 6 agosto 2014, il Regno Unito ha annunciato che il suo Tesoro aveva commissionato uno studio sulle criptovalute e sul ruolo, se presente, che avrebbero potuto svolgere nell'economia britannica. Lo studio avrebbe dovuto anche riferire se fosse opportuno prendere in considerazione una regolamentazione. Il suo rapporto finale è stato pubblicato nel 2018 e ha emesso una consultazione su criptovalute e stablecoin nel gennaio 2021.
Nel giugno 2021, El Salvador è diventato il primo Paese ad accettare Bitcoin come moneta legale, dopo che l'Assemblea legislativa aveva votato 62 a 22 per approvare un disegno di legge presentato dal presidente Nayib Bukele che classificava la criptovaluta come tale.
Nell'agosto 2021, Cuba ha adottato la Risoluzione 215 per riconoscere e regolamentare le criptovalute come Bitcoin.
A settembre 2021, il governo della Cina, il più grande mercato per le criptovalute, ha dichiarato illegali tutte le transazioni in criptovaluta. Ciò ha completato una stretta sulle criptovalute che in precedenza aveva vietato l'attività di intermediari e minatori in Cina.
Il 15 settembre 2022, la seconda criptovaluta più grande al mondo in quel momento, Ethereum, ha trasferito il suo meccanismo di consenso da proof-of-work (PoW) a proof-of-stake (PoS) in un processo di aggiornamento noto come "Merge". Secondo il fondatore di Ethereum, l'aggiornamento può ridurre sia il consumo di energia che le emissioni di anidride carbonica di Ethereum del 99,9%.
L'11 novembre 2022, FTX Trading Ltd., un exchange di criptovalute, che gestiva anche un hedge fund di criptovalute, ed era stato valutato 18 miliardi di dollari, ha dichiarato bancarotta. L'impatto finanziario del crollo si è esteso oltre la base di clienti FTX immediata, come riportato, mentre, in una conferenza Reuters, i dirigenti del settore finanziario hanno affermato che "i regolatori devono intervenire per proteggere gli investitori in criptovalute". L'analista tecnologico Avivah Litan ha commentato l'ecosistema delle criptovalute dicendo che "tutto... deve migliorare drasticamente in termini di esperienza utente, controlli, sicurezza, servizio clienti".